Компьютерный дизайн предназначен для целенаправленной разработки новых органических веществ, обладающие биологической активностью. В частности, разрабатывать новые терапевтические лекарственные средства на основе новых ингибиторов белков-мишеней, связанных с заданной патологией (болезнью). Ингибиторы избирательно связываются с заданным белком-мишенью и блокируют его работу.

При этом болезнь излечивается. Основными инструментами компьютерного дизайна лекарств являются методы молекулярного моделирования. Среди этих методов выделяются докинг – позиционирование небольших органических молекул (лигандов) в активных центрах белков-мишеней и оценка энергии связывания лигандов с белками-мишенями. В методах докинга используется описание внутримолекулярных и межмолекулярных взаимодействий методами классических потенциалов. Однако для эффективного применения докинга для разработки новых лекарств необходимо использовать методы квантовой химии.